با استقرار حكومت اسلامي در مدينه، يهوديان دشمني خود را با اسلام و پيامبر و مسلمانان به شكل‌هاي گوناگون نشان مي‌دادند. يهودياني كه در مدينه و اطراف آن ساكن بودند، به دليل پيمان‌شكني و توطئه، از سوي پيامبر اكرم به عواقب ناگواري نظير اعدام، آوارگي و تبعيد از مدينه گرفتار شدند و برخي از آنها در منطقه‌اي به نام خيبر و وادي القري كه جلگه وسيع و حاصلخيزي در 32 فرسخي شمال مدينه است، سكونت گزيدند.
با این حال، بعضی اقدامات یهودیان که منجر به حوادثی چون جنگ احزاب شد و نیز احتمال همدستی آنها با کسری و قیصر، پیامبر را بر آن داشت که هرچه زودتر آتش فتنه آنها را برای همیشه خاموش کند. به همین جهت دستور حمله به سوی دژهای یهودیان را صادر کرد، فردی به نام غیله لیثی را جانشین خود در مدینه قرار داد، پرچم سفیدی به دست حضرت علی علیه السلام داد و همراه مسلمانان عازم خیبر شد.
لشگر مسلمانان 1600 نفر بود که 200 سواره‌نظام داشت. پیامبر هنگامی که به سرزمین خیبر رسید، این‌گونه دعا کرد: « ای خدای آسمانها و آنچه در زیر آنها قرار دارد! ای خدای زمین‌ها و آنچه بر آنها سنگینی افکنده است! از تو خوبی این آبادی و خوبی ساکنان آن و خوبی هر آنچه را که در آن هست می‌خواهیم و از بدیهای این آبادی و ساکنانش و آنچه در آن است به تو پناه می‌بریم.»
روز اول و دوم، پیامبر برای فتح دژها به ترتیب ابوبکر و عمر را مأموریت داد ولی آنها بدون نتیجه به حضور پیامبر برگشتند. پیامبر فرمود:« فردا این پرچم را به دست کسی می‌دهم که خدا و پیامبر را دوست دارد و خدا و پیامبر نیز او را دوست دارند و خداوند این دژ را به دست او می‌گشاید. او مردی است که هرگز پشت به دشمن نکرده و از صحنه نبرد نمی گریزد.» صبحگاهان علی علیه السلام را احضار کرد و دست بر دیدگان دردناک او کشید و دردش را تسکین داد به طوری که علی علیه السلام تا آخر عمر به درد چشم مبتلا نشد.
علی علیه السلام روانه دژها شد درحالی که زره محکمی بر تن داشت و شمشیر ذوالفقارش را در دست گرفته بود. او مرحب خیبری و برادرش را به هلاکت رساند و چون سپرش را در حین نبرد از دست داده بود، در یکی از دژها را از جا کند و تا پایان جنگ، از آن به جای سپر استفاده کرد.
علی علیه السلام در این زمینه می‌فرماید: « من در قلعه را هرگز با نیروی بشری از جا نکندم، بلکه در پرتو نیروی الهی و با اتکاء به نفسی که آرامش ایمان و لقاء الله در آن رسوخ کرده، این کار را انجام دادم.»
با دلاوری مسلمانان، دژهای هفتگانه خیبر که عبارت بودند از « ناعم، قموص، کتیبه، نسطاة، شق، وطیح، سلالم » یکی پس از دیگری فتح شد. در این نبرد جمع زیادی از دلاوران یهود به دست حضرت علی علیه السلام و سایر رزمندگان سپاه اسلام به هلاکت رسیدند، جمعی از مسلمانان از جمله محمود بن مسلمه انصاری به شهادت رسیدند و جمعی نیز مجروح شدند. تعدادی از زنان با اجازه پیامبر در جبهه حاضر شدند و به یاری مسلمانان و پرستاری از مجروحان جنگی پرداختند.
پس از پیروزی مسلمانان، غنائم میان آنها تقسیم شد و پیامبر همه یهودیان را از شبه جزیره تبعید کرد تا برای همیشه از قلمرو مسلمانان خارج شوند.